Neben dem Seelsorgeteam trägt entsprechend der Schweizer Kirchenorganisation auch der Kirchgemeinderat Verantwortung. Gemeinsam mit dem Seelsorgeteam kümmert er sich um das Wohl und das Gedeihen der Kirchgemeinde Weinfelden und Umgebung. Als Exekutive der Kirchgemeinde ist er zuständig für die Verwaltung der Finanzen. Dazu gehört insbesondere auch die Anstellung der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.
Zudem ist er zuständig für die Pflege der Liegenschaften.